새롭게 맞이한 2025년, 13월의 월급을 받을 수 있는 연말정산 시즌이 돌아왔습니다!
매년 이맘때가 되면 근로자 및 업무 담당자 모두 연말정산 관련 업무로 인해 바빠지기 마련인데요. 이번 연말정산 역시 개정된 사항들이 있어 꼼꼼히 살펴보아야 합니다. 체크해야 할 부분과 챙겨야 할 증빙 서류들이 넘쳐나, 연말정산 업무가 어렵게 느껴지실 수 있을 텐데요.
이곳저곳 흩어져 있는 세법 개정 사항부터 복잡한 연말정산 절차까지, 일목요연하게 정리해 소개드립니다.
제 1장. 연말정산 관련 용어 개념 정리
1. 연말정산이란?
국세청에서 1년 동안 거둬들인 근로소득세를 연말에 다시 따져보고, 실소득보다 많은 세금을 냈으면 그만큼을 돌려주고 적게 거뒀으면 더 징수하는 절차입니다. 업무 담당자 입장에서는 구성원들이 제출한 연말정산 서류들을 검토한 후, 근로소득에 대한 연말정산분을 원천징수이행 신고서에 반영하여 관할 세무서에 제출하는 일을 진행하게 됩니다.
2. 소득공제와 세액공제의 차이
소득공제와 세액공제 모두 ‘세금을 줄인다’는 결과는 같지만, 방식에 차이가 있습니다.
소득공제는 소득에서 특정 항목의 비용을 차감하여, 세금 부과 대상이 되는 ‘소득’을 줄여주는 것을 의미합니다. 즉 소득의 규모를 줄인 후, 이를 바탕으로 세금을 계산하는 것이죠. 소득공제를 많이 받아 소득이 줄어들면, 과세표준 구간이 낮아져 세금을 덜 내게 되는데요. 대표적으로 근로소득공제, 인적공제, 신용카드 공제 등이 소득공제 항목에 해당됩니다.
세액공제는 소득공제를 거쳐 산출된 세액에서 일정 금액을 공제해 주는 것이에요. 대표적으로 의료비, 보험료, 교육비, 기부금, 결혼, 자녀, 월세 등이 세액공제 항목에 해당됩니다. 만약 소득이 많다면 소득공제를 통해 세금의 비율을 낮추는 것이 유리하고, 소득이 적다면 세액공제를 통해 세금의 비율을 낮추는 것이 유리합니다.
3. 언제, 누가 하는 건가요?
연말정산의 경우, 각 회사의 연말정산 담당자인 원천징수의무자가 하게 됩니다. 회사에 따라 상이하지만 평균적으로 매해 1~2월에 실시합니다. 준비기간까지 합치면 12월부터 시작하여 최종적으로는 3월에 마무리가 됩니다.
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제 2장. 연말정산 진행 일정
어디서부터 어떻게 시작해야 할지 막막한 분들을 위해, 월별로 어떤 일을 진행하면 되는지 짚어 드릴게요!
STEP 1. 근로자 정보 등록 및 공지 (~ 1월 15일)
- 근로자 기초 자료 등록
- 연말정산 관련 내부 자료 정리
- 근로자에게 연말정산 일정 등 정보 제공
근로자가 알아야 할 정보
연말정산 처리 일정(소득⋅세액공제신고서 제출, 연말정산 결과 안내, 환급일정 포함)
- 세법 개정 내용
- 소득⋅세액공제 증명자료 수집(연말정산간소화 서비스 포함) 방법, 제출 시 유의사항
- 인적공제 및 소득⋅세액공제 관련 유의사항, 소득⋅세액공제신고서 작성방법
Step 2. 소득⋅세액공제 증명자료 수집⋅제출 (1월 중순~2월 중순)
1월 중순부터는 연말정산 간소화 서비스가 오픈됩니다. 이때부터 근로자분들이 본격적으로 소득⋅세액공제 증명 서류를 출력 또는 전산파일로 내려받아 소득⋅세액공제신고서와 함께 회사에 제출하는 시기입니다. 수많은 서류들을 미리 잘 정리 해두셔야 해요!
연말정산 시 근로자가 회사에 제출하는 서류, 어디서 수집하는 것일까요?
- 간소화 서비스에서 제공하지 않는 공제 증명 서류(기부금, 의료비, 신용카드 등)는 명세서⋅신청서와 함께 직접 제출
Step 3. 소득⋅세액 공제서류 검토 및 원천징수영수증 발급 (~2월 말)
- 근로자가 제출한 소득⋅세액공제 증명서류에 의해 소득⋅세액공제신고서가 정확히 작성되었는지, 공제 요건이 적정한지 확인
- 근로자가 제출한 소득⋅세액공제신고서 내용을 반영하여 세액을 계산하고 근로소득 원천징수영수증을 근로자에게 발급
Step 4: 원천징수이행상황신고서, 지급명세서 등 제출 (~3월 초)
아래 전산 파일을 3월 10일까지 홈택스에 제출
- 원천징수이행상황신고서 (’25.2월 지급분과 ’24년 연말정산을 포함)
- 근로소득지급명세서
- 기부금명세서
- 의료비지급명세서
Step 5. 분납
연말정산 결과 근로자의 추가 납부세액이 10만원을 초과하는 경우, 원천징수의무자는 해당 과세기간(2024)의 다음 연도(2025) 2월분부터 4월분의 근로소득을 지급할 때까지 추가 납부 세액을 나누어 원천징수 할 수 있습니다.
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제 3장. Q&A
Q1. 작년 간소화 서비스에서는 정상적으로 조회된 부양가족의 자료가 올해부터 안 보이는 이유는 무엇인가요?
올해부터 24년 상반기 소득금액이 100만원을 초과하거나, 23년 12월 31일 이전에 사망한 부양가족의 간소화 자료는 제공되지 않고 있어요.
Q2. 24년 상반기(1~6월) 소득금액이 100만원을 초과하는 부양가족의 명단은 별도로 제공하는 것인가요?
간소화 서비스 화면에서 소득기준 초과 부양가족 명단을 조회할 수 있고, PDF 자료로 내려받아도 확인할 수 있습니다.
Q3. 휴직한 근로자의 연말정산은 언제, 어떻게 진행해야 하나요?
휴직자는 퇴직자가 아니므로 계속 근로자와 마찬가지로 소득을 지급한 해의 다음 해 2월에 연말정산을 진행해야 합니다.
Q4. 회사를 옮기거나 여러 회사에서 급여를 받는 근로자의 연말정산은 어떻게 하는 것인가요?
연도 중 회사를 옮긴 경우, 12월 말 근무지에서 전 근무지 근로소득을 합산하여 연말정산을 진행해야 합니다. 여러 회사에서 급여를 받은 경우에는 현 근무지에서 전 근무지의 소득을 합산하여 연말정산을 진행해야 합니다. 따라서 전 근무지에서 근로소득 원천징수영수증을 발급받아 현 근무지에 제출해야 합니다.
Q5. 분납 신청을 한 근로자가 분납 기간 중에 퇴사를 하는 경우에는 원천징수를 어떻게 해야 하나요?
분납 신청을 한 근로자가 분납 기간 중 퇴사하는 경우, 원천징수의무자는 해당 근로자가 퇴사할 때 잔여 분납 금액을 원천징수합니다.
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제 4장. 24년 귀속 2025 연말정산 개정 세법
결혼/출산/양육 분야
결혼 세액공제 신설
혼인신고를 한 부부를 대상으로 결혼세액이 공제됩니다.
- 공제 대상 : 혼인신고를 한 거주자
- 적용 연도 : 혼인신고를 한 해(생애 1회)
- 공제 금액 : 50만 원
자녀 세액공제액 확대
출산 및 보육부담을 완화하기 위해 자녀 세액공제 혜택이 확대되었습니다.
- 공제 금액
자녀가 1명인 경우 : 15만원(동일)
자녀가 2명인 경우 : 30만원에서 35만원으로 확대
자녀가 3명 이상인 경우 : 셋째 자녀부터 인당 30만원
기업 출산지원금 비과세 한도 변경
본인 또는 배우자 출산 관련 기업의 출산지원금이 전액 비과세로 변경됩니다.
(단, 자녀 출산 이후 기업이 2년 이내에 최대 2회에 걸쳐 지급한 경우만 해당)
의료비 세제 지원 강화
출산 양육에 따른 비용부담 완화 및 장애인 활동 지원이 확대되었습니다.
– 산후조리원 비용 공제 대상 : 총급여액 7천만원 이하인 근로자에서 모든 근로자로 확대(한도 200만원)
– 장애인 활동 지원 급여 : 실제 지출한 본인부담금(활동보조, 방문목욕, 방문간호 등)
- – 공제 한도 미적용 대상 : 본인, 65세 이상인 부양가족, 장애인, 6세 이하 부양가족 추가
주택 관련 분야
장기주택저당차입금 이자 상환액 소득공제 확대
장기주택저당차입금 이자 상환액의 공제한도와 공제 대상이 확대되었습니다.
- 공제 한도 : 300만원~1,800만원에서 600만원~2000만원으로 확대
- 공제 대상(주택 요건) : 기준시가 5억원 이하에서 6억원 이하로 확대
- 차입자가 신규 차입금으로 즉시 기존 장기주택저당차입금 잔액을 상환하는 경우도 포함
(공제 한도 및 주택 요건은 2024.1.1 이후 이자상환액 지급분, 주택 취득분부터 적용)
장기주택저당차입금 이자 상환액이란?
상환기간 15년 이상의 주택담보대출 이자를 낸 것에 대해 연말정산에서 소득공제를 해주는 제도를 의미합니다.
월세액 세액공제 소득기준 및 한도 상향
서민/중산층의 주거비 부담을 완화하기 위해, 소득 기준 및 공제 한도가 상향되었습니다.
- 공제 대상 : 총급여 7천만원 이하에서 총급여 8천만원 이하 무주택 근로자 및 성실사업자로 대상 확대
- 공제 한도 : 연간 월세액 750만원에서 1,000만원으로 확대
주택청약종합저축 소득공제 한도 상향
무주택자의 주택 마련 지원을 위해, 주택청약종합저축 납입 한도가 상향되었습니다.
- 공제 대상 납입 한도 : 연 240만원에서 300만원으로 확대
기타 분야
신용카드 소득공제율 확대
2024년 신용카드 등 사용금액 증가분에 대해 추가 공제가 신설되었습니다.
- 공제 대상 : 2023년 대비 2024년도 신용카드 사용 금액이 5% 이상 증가한 경우, 증가분에 대해 10% 공제율 적용(공제 한도 최대 100만원)
고액 기부금 공제율 상향
기부 활성화를 지원하기 위해 고액기부 공제율이 상향되었습니다.
- 공제 금액
1천만원 이하 : 15%(동일)
1천만원 초과 : 30%(동일)
3천만원 초과 : 40%(2024.12.31까지)
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제 5장. 네이버웍스에서 손쉽게 연말정산하는 방법
사내 연말정산 담당자과 임직원은 네이버웍스 경영지원의 근태에서 아래 흐름과 같이 연말정산 업무를 손쉽게 진행할 수 있습니다.
임직원은 국세청 자료를 다운로드하여 네이버웍스에 업로드를 하고, 추가로 공제 받을 자료도 직접 입력할 수 있습니다. 또한 임직원은 미비한 서류를 자가 점검하여 증빙으로 첨부하고, 제출한 연말정보 자료로 가정산한 결과를 바로 확인할 수 있습니다.
물론 사내 연말정산 담당자는 임직원이 네이버웍스에 제출한 정보와 증빙을 손쉽게 검토할 수 있습니다.
네이버웍스 연말정산에서 제공하는 7개의 메뉴 순서에 따라 차근차근 소개해 드리겠습니다.
연말정산 일정 관리 > 연 급여 집계 > 연말정산 실행 > 연말정산 사후 관리 > 연말정산 조회 > 연말정산 세무서식 조회 > 연말정산 세무신고
1. 연말정산 일정 관리
‘연말정산 일정 관리’ 메뉴에서 연말정산과 관련된 모든 일정을 관리할 수 있습니다. 재직자에 대한 귀속연도 설정, 증빙자료 제출 범위 등을 설정할 수 있죠.
1-1. 정산 연도 관리
연말정산 일정 관리 메뉴에서 [정산 연도 관리] 탭을 클릭, 진행할 연말정산 연도, 근로소득원천징수 의무자, 국세청 외 증빙 자료 등의 정보를 입력합니다.
2025년 1월에 진행되는 연말정산은 2024년 연말정산이므로 2024년을 선택합니다.
국세청 외 증빙 자료에 체크된 증빙 항목만 증빙이 제대로 등록되었는지를 판단하며, 체크되지 않은 증빙 항목은 증빙 없이 진행됩니다.
1-2. 분납월 관리
연말정산 후 징수 세액에 대해 분할 납부할 수 있도록 급여월과 차수를 입력할 수 있습니다. 해당 항목은 추가하거나 삭제할 수 있지만, 마감된 정산 연도는 삭제할 수 없으니 주의해 주세요.
분납 급여월은 [급여 > 급여일 관리] 메뉴에 등록되어 있어야 해당 시점에 알맞게 연말정산 추가 납부 항목이 표시됩니다. 따라서 급여월을 미리 등록해 놓아야 합니다.
급여월 등록 방법은 아래 가이드에서 자세히 확인할 수 있습니다.
1-3. 신청 일정 관리
임직원이 연말정산 자료를 직접 입력할 수 있는 기간인, 연말정산 메뉴 오픈 기간을 관리할 수 있습니다.
오픈 기간 동안 임직원에게 [연말정산 실행] 메뉴가 노출되며, 임직원은 [내 업무 > 급여 관리 > 연말정산 실행] 메뉴에서 직접 입력할 수 있습니다.
1-4. 연말정산 결과 공개
연말정산에 대한 검증을 완료한 후, 임직원들에게 연말정산 결과를 공개해야 하는데요. 이때 임직원이 근로소득원천징수영수증을 조회할 수 있도록 관리할 수 있습니다. 공개로 설정하면 임직원은 [내 업무 > 급여 관리 > 연말정산 조회] 메뉴에서 해당 연도 연말정산 결과를 확인할 수 있습니다.
2. 연 급여 집계
2-1. 연말정산 급여 자동 집계
임직원의 연말정산에 반영할 과세, 비과세 급여 및 감면 소득 등의 급여를 집계할 수 있습니다.
연말정산을 새로 시작하려면 [초기화 및 자동 집계] 버튼을 클릭해 주세요. 진행 단계를 대기로 설정하면, 임직원이 연말정산 실행 메뉴에서 연말정산을 진행할 수 있습니다.
만약 급여만 변경된 경우, [급여만 재집계] 버튼을 클릭합니다.
입력된 연말정산의 내용은 초기화되지 않으므로, 임직원이 입력 또는 제출한 증빙은 지워지지 않습니다. 이때 연말정산 진행 단계는 대기로 변경됩니다. 진행 단계가 대기 외 다른 진행 단계로 진입한 경우, ‘초기화 및 자동 집계’ 버튼을 클릭하게 되면 기 입력된 연말정산 정보가 초기화되니 주의해야 합니다.
연급여 집계를 진행하기 위해서는 임직원들의 급여가 입력되어 있어야만 합니다. 따라서 전체 임직원들의 급여가 잘 입력되어 있는지 먼저 확인해 주세요. 2024년 전체 급여를 빠르게 업로드 할 수 있습니다.
급여 입력 방법은 아래 가이드에서 자세히 확인할 수 있습니다.
3. 연말정산 실행
입력된 임직원(재직자, 퇴직자)의 연말정산 정보를 전반적으로 검토하거나, 관리자가 임직원 대신 연말정산을 실행할 수 있습니다. [정산 연도 관리] 탭에서 설정한 정산 연도가 자동으로 세팅되며, [연 급여 집계] 메뉴에서 급여 집계가 완료된 대상자를 조회하고, 대상자를 선택하여 연말정산 마감 여부 등을 관리할 수 있습니다.
3-1. 정산
연말정산 실행 메뉴를 클릭하여, [기본 사항] 탭부터 연말 정산 단계를 차례대로 설정한 후 저장합니다.
정산 단계 : 기본 사항 > 연소득 > 부양가족 > 국세청 파일 > 공제 항목 1 > 공제 항목 2 > 증빙 목록 > 정산 내역
[8. 정산 내역] 탭에서 제출된 자료를 기준으로 정산된 내역을 확인하거나 다운로드를 할 수 있습니다.
4. 연말정산 사후 관리
연말정산 서류 제출의 종료일이 임박하거나, 미비서류 제출을 안내하는 메일을 발송하거나, 임직원의 연말정산 차감 세액을 급여대장에 반영할 수 있습니다.
4-1. 서류미비자 안내 메일 발송
[서류미비자 안내 메일 발송] 탭에는 연말정산 대상자의 진행 단계와 최종 작업 일시가 조회됩니다.
발송 대상자를 체크하여 선택한 후, [메일 발송] 버튼을 클릭합니다. 해당 메일은 알림성 메일이므로 사원에게 상세 증빙을 요청할 경우, 별도의 메일로 전달해야 합니다.
4-2. 정산 세액 급여대장 반영
임직원의 연말정산 차감 세액을 급여대장에 반영할 수 있습니다. 연말정산 마감 후에도, 현 재직 중인 임직원뿐만 아니라 퇴사자에 대해서도 수시로 확인하여 급여 차수에 반영할 수 있습니다.
연말 정산 후 차감징수세액이 환급인 경우, 임직원이 분납 신청을 했더라도 2월 급여월과 차수에 환급 세액 전액이 반영됩니다.
급여대장 반영 대상자를 체크하여 선택한 후, [급여대장에 기록] 버튼을 클릭합니다. 그리고 급여일 및 차수를 선택하면, 선택한 급여월과 차수에 정산 세액이 반영됩니다. 이때, 분납 신청을 한 임직원이 없어도 정산액(분할납부)을 기록할 급여일과 차수가 미리 설정되어야 합니다. (예: 24년도 연말정산은 25년도 2월, 3월, 4월의 급여일과 차수 설정)
급여일과 차수 설정은 [급여 > 급여일 관리] 메뉴에서 설정할 수 있습니다.
5. 연말정산 조회
[연말정산 조회] 메뉴에는 연말정산 진행 단계가 ‘정산 내역’이거나 ‘마감’인 임직원 목록이 조회됩니다. 연말정산 조회 대상자 선택, 목록 위에 있는 [드롭다운] 메뉴 클릭, 연말정산 보고서 종류 선택 후 조회합니다.
6. 연말정산 세무서식 조회
임직원의 소득공제 신고서나 근로소득원천징수영수증을 다운로드하여 조회할 수 있습니다.
연말정산 진행 단계가 정산 내역이거나 마감인 임직원의 소득공제 신고서를 PDF 형식의 파일로 다운로드하거나 임직원의 근로소득원천징수영수증을 출력할 수도 있습니다.
7. 연말정산 세무 신고
먼저 [급여 > 연말정산 > 연말정산 세무신고] 메뉴에서 [평문 다운로드] 버튼을 클릭해, 국세청 홈택스에 제출할 수 있는 전산매체 자료를 다운받습니다. 그 다음 다운받은 파일을 홈택스에 제출하여 연말정산 업무를 완료합니다.
이렇게 2024년 귀속 2025 연말정산에 대해 알아보았는데요. 이번 연말정산에서는 공제 기준과 혜택이 변경되는 사항들이 있어, 꼼꼼히 숙지해 놓아야 합니다.
연말정산 핵심 요약!
- 근로자 정보 등록 및 공지 > 증명자료 수집 및 제출 > 원천징수영수증 발급 > 신고서 제출의 절차
- 연말정산 개정 세법 및 제출 의무 서류 확인
- 납부 기한에 늦거나 과소 납부한 경우, 가산세 부담
매년 할 때마다 헷갈리는 복잡한 연말정산 업무, 네이버웍스 경영지원에서 쉽고 간단하게 진행해보세요!
